关键时候，组织的作用显现了，许多大臣上疏申救，奏疏上百封，这使万历更加恼火，他显然己经感觉出了顾宪成和他的组织对他的挑衅。

万历一定在心里想，我就不信，我这个皇帝连个吏部郎中都办不了，我要办不了你，我这个皇帝就不当了！

于是，他以“忤旨”之罪将顾宪成革职为民，那些上疏申救的官员也都受到外放、降调、削职等处分。

皇帝真的恼了，顾宪成只好暂时服贴一下。

回到家乡以后，顾宪成并没有养望林下，短暂休整之后，顾宪成就开始以讲学为名，广交朋友，四处活动，他请进来，走出去，在自己住宅南边造了几十间书舍专供来人居住，还经常与苏州、松江、常熟、太仓、嘉兴、宜兴等吴中学者聚会。

随着活动量的增加，顾宪成迫切感到必须具备一个固定的讲学场所，从而将分散的讲学活动变成一个有协调组织的统一活动，从而增强社会影响力。

万历三十二年（1604年），经顾宪成等人的努力，官府终于批准在无锡城东门内的东林书院遗址重建东林书院。九月工程告竣，共用了1200多两银子。作为首倡发起人之一的顾宪成捐银最多，又去策动吴地官员和缙绅捐资助修，出了很大力。

顾宪成亲自为书院讲会审订了宗旨及具体会约仪式，这年十月，顾宪成会同顾允成、高攀龙、安希范、刘元珍、钱一本、薛敷教、叶茂才（时称东林八君子）等人发起东林大会，制定了《东林会约》，它规定每年一大会，每月一小会，除了严寒盛暑外，定期会讲。

东林书院从成立之初就不是一个单纯的学术团体，而是一个政治意图明显的在野人士俱乐部，它由一批心有不甘的在野人士发起成立，主要活动是学术搭台、政治唱戏。

明代官场各种复杂关系不断在东林书院交汇凝结。东林书院很快就发展成为各种关系的总部基地，编织成一个隐秘而庞大的关系网，每年一次的大会有时多达千人，积聚了很大的政治能量，从而吸引了众多在职官员参与其中，小官加入其中可相互取暖，大臣也愿意引以为后盾，形成了势力庞大的东林党。东林党是明朝党争的始作俑者，对明代政治影响深远。

东林党虽然站在道德的制高点上，以气节道义相号召，以君子自居，但有一点是可以肯定的，结党必定营私，结党必破坏平衡，无论古今中外，结党都不是一个好现象。

“风声、雨声、读书声，声声入耳；家事、国事、天下事、事事关心”这个漂亮的对联，也不能掩盖结党的消极方面。

事实上这幅对联是有毛病的，一个人要知所进退，尤其是在工作中要守“本分”，不该听的不要听，不该关心的事不要关心，不能“声声入耳”、“事事关心”。